A Coordenadoria de Gestão do Transporte da Saúde é composta por duas células administrativas e uma gerência: Núcleo de Gestão de Abastecimento e Motoristas, Núcleo de Gestão de Manutenção e Gerência do Transporte da Saúde.

O Núcleo de Gestão de Abastecimento e Motoristas é responsável pelo gerenciamento e distribuição diária de demandas, que chegam por meio da plataforma CompartilhaSol, como a montagem das escalas dos motoristas, além de garantir que o abastecimento dos veículos da Saúde seja feito sem prejudicar os atendimentos aos pacientes. 

Além disso, este núcleo tem a responsabilidade de comunicar sobre as necessidades de manutenção dos veículos pertencentes à frota da Saúde, em tempo hábil, para que possam ser solucionados. É também responsabilidade do núcleo a distribuição de demandas para a equipe de motoboys, que trabalha em prol do atendimento dos Centros de Saúde da Família (CSF) e unidades administrativas da Secretaria da Saúde.

O Núcleo de Gestão de Manutenção dedica-se a cuidar da logística de tráfego intermunicipal dos veículos, garantindo que todos os pacientes que utilizam os serviços do Transporte da Saúde tenham o devido atendimento nos hospitais fora do município de Sobral.

Já a Gerência do Transporte da Saúde é responsável pela fiscalização e pelas solicitações financeiras referentes aos contratos que envolvem a frota, como locação de veículos, abastecimento, manutenção e aquisição de peças para os veículos, serviços de táxi, locação de mão de obra terceirizada, dentre outros. Além disso, realizam a tratativa direta com as empresas prestadoras dos serviços mencionados.

A gestão dos recursos humanos também é atribuída à gerência. Por fim, este setor também é responsável pela resposta das manifestações da população recebidas por meio da Ouvidoria Municipal.